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目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源及污泥水解上清液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。
甲醇作为外碳源具有运行费用低和污泥产量小的优势，在甲醇碳源不足时，存在亚硝酸盐积累的现象。以甲醇为碳源时的反硝化速率比以葡萄糖为碳源时快3倍，其 碳氮比（COD：氨氮）为 2.8～3.2 。
但甲醇作为外加碳源时，有以下3点问题需关注：
甲醇易燃，为甲类危化品，储存和使用均有严格要求。特别是其储存需报当地公安部门备案审批，手续繁琐。
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碳源的作用是为生物提供细胞代谢的碳框架，是一切生物得以生长、育种提供了物质基础。复合碳源是一种新型复合碳源，通过生物脱氮补碳产生，具有良好的经济性、适用性广，无毒、纯生物制品生产和使用成本低，经济效益可观。复合碳源为棕色液体，无刺激性气味，液体呈弱酸性结构成分为有机酸醇类糖等小分子结构。根据目前的产品结构，它可以替代传统的甲醇、对醋酸铵的依赖性等降低了使用成本，产品使用范围更广，可更广泛地应用于各种城市水处理、与传统同类产品相比，工业废水处理提高了废水的脱氮能力和废水处理效率、污水处理质量提高，水体除磷效果很好目前多用于水处理行业的缺氧池、反硝化过滤等领域，同时能为厌氧反应器提供充足的碳源保障。
