工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算编制过程中使用定额应注意的问题：
1、定额未计价材料
计算式如下：未计价主材单位价值=带括号的定额含量*主材预算价格定额未列含量的主材；
定额未编列的主材定额含量=设计用量*（1施工损耗率）主材价值=定额未编列的主材定额含量*主材预算价格；
2、脚手架搭拆费
脚手架搭拆费按人工费的5%计算，其中人工工资费占25%；
脚手架搭拆费=工程人工费*5%;其中人工工资=脚手架搭拆费*25%。
工程预算由于间接费、利润、税金等各项费用，是按照工程的专业（土建、安装、装饰、市政、人防、园林等）和工程类别（即按照施工难易程度分一、二、三、四类）分别规定了取费标准，审查时应该注意以下几个问题：审查取费标准是否与所用定额相匹配。在编制决算时，主体工程选用某专业定额，则取费标准必须选用与该专业配套使用的标准审查取费标准是否与工程类别相吻合。首先，根据工程规模及工程类别划分标准表，确定工程类别；然后，审查是否按确定的工程类别计取费用。如土建工程与安装工程的工程类别应分别按各自的工程类别划分标准表确定。
工程量清单计量一般是根据每月完成的合同内实物工作量经监理工程师签认合格准予计量的工程细目，它有阶段性、按实计量的特点。根据这个特点，应在过程中来进行控制，而不是依靠事后发现超计量以后再扣回。工程预算计量人员（工地监理组、指挥部或总监办的工程部、计划部）均应认真学习合同文件和招标文件中的计量条款，心中应明确哪些项目可以计量，哪些项目不能计量，属于包含在其他工程项目中的内容（例如：涵洞计量是以延米综合单价计量的，因此其挖基、回填、清淤、基础垫层、出入口铺砌等均不能单独计量。