工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：
工程预算按签证性质可以分为：
①工程经济签证：是指在施工过程中由于场地、环境、业主要求、合同缺陷、违约、设计变更或施工图错误等，造成业主或承包商经济损失方面的签证。经济签证涉及面广，项目繁多复杂，应严格控制签证范围和内容，把握好有关定额、文件规定。建筑工程质量检收划分为检验批、分项工程、分部工程、单位工程的质量验收，做出程序和组织规定要求：（1）检验批的质量验收记录由施工项目专业质量检查员填写，监理工程师（建设单位项目专业技术负责人）组织项目专业质量检查员等进行验收。（2）分项工程质量应由监理工程师（建设单位项目专业技术负责人）组织项目专业技木负责人等进行验收。
审计人员对于竣工之后的工程预算酬劳核算也要严格把握，对于所有的工程建筑材料都要进行仔细的核算，我们的社会是一个绿色发展的社会，因此性价比高的建筑设计才是被主流社会所接受的，必须严格的控制整个工程的投资额度，随着大数据时代的发展，以后的建筑必定会被把握的更加严谨，工程中出现的一些不良现象也一定会通过工程审计的监督而无所遁形，工程整体造价也一定会工程审计的日趋完善而变得越来越贴近实际。推动我国的经济发展。
这就给工程预算带来一定的难度，常见的错弊有：①项目变更时计增不计减，定额取费就高不就低，同类定额，套高不套低；定额的标准套新不套旧，取费标准乱等。②工程与金额的计算，故意错大，混淆数字、小数点后移、重复计算、故意出错等。2.2.2审计的方法与技巧采用不同的审计方法与技巧来应对预决算中的错弊达到 的审计效果。通常采用双算双审稽与核对法（审核法、重点审核法）。结合各工程的实际情形进行具体的审计，注意项目审签与重点审计相结合、审计结论通知和处理反馈相结合、企业内部自审和委托审计相结合。在具体的工程中需要审计工作人员能运用审计的各种方法与技巧，在实践中不断总结经验，提高审计水平。