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工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：
工程预算如果是预算结算承包，审计的重点是核查乙方提出的设计变更资料是不是通过了原来设计部门的同意或是经过了甲方的签证，这里的重大设计变更有没有计划或者是主管部门的审批手续，变更工程量的计算是不是真实，套用定额与单价是不是合适且准确，设计变更的增减是不是同步，有没有巧立名目、自行定价、搭车收费的现象。预算加系数或是平方米等价已经承包，审计的重点原则上已经把预算的变动，加价系数等算在内，因此不应该再零星项目变动经济洽谈。如果是招标承包，审计的重点是结算应该按中标合同的标价执行，当然遇到特殊复杂工程可以调价，也要有补充的合同，否则就不应该在 的结算关头再另行加价。
设计人员应熟悉掌握建筑工程预算定额及费用定额，熟悉建筑材料预算价格，然后按项目投资估算控制初步设计及概算，再用初步设计概算控制施工图设计及概算。因此，各专业在保证功能及技术指标的前提下，必须制定双赢策略，合理分解和使用投资限额，融施工图设计和施工图预算为一体，把技术和经济有机结合起来。遵义工程预算针对目前设计人迥经济观念淡薄，设计变更随心所欲。采取一定的约束力是对设计规范、设计标准、工程量与概预算指标等各方面控制的一种举措。组建强有力的投标班子，施工单位能否中标与投标班子的素质和敬业精神是密不可分的读懂招标书并编制高质量的施工组织设计，施工组织设计编制不仅要求科学、合理、而且能节约费用。在施工方案的确定中应优选选用先进的施工工艺、合理施工方案、较低的工程预算方案。合理确定工程报价，投标班子就应认真理解招标文件，按照招标文件的要示主，合理、实事求是，还必须建立在企业自我测算的基础上，适合于本企业的定额来进行编制投标书，按照可以争取达到的先进合理水平来确定，具有可行性和先进性，并运用报价策略进行编写工程投标报价。
时效性是建筑工程预算的基础特性，由于事前预算和事中预算弱化，各项预算工作无法及时落实，预算结果欠缺准确性，容易在合同签订、招投标等环节集中爆发风险。预算法规体系是与预算有关的各项法律、条例、细则的整合，作为预算的基本依据，预算法规体系的完整度影响预算效率和质量。预算在工程预算中忽视预算法规的制定和调整，导致预算法规体系不完整，对预算对象的辨别无据可依，预算资源配置不合理，预算人员无法顺利开展工作。遵义工程预算目前对建筑工程预算的理论和实践尚未成熟，还未建立起针对建筑行业的一整套预算法规体系，预算思路落后，部分预算手段陈旧，不符合现行预算要求，在面对复杂问题时无法有效地分析和解决。要杜绝预算过程中预算人员徇私枉法、滥用职权等情况，需要健全的预算法规体系。然而我国建筑工程预算尚未具备完善的规则体系，削弱了预算报告的权威性。预算信息化建设是新时期预算工作发展的根本要求，要缓解预算人力不足矛盾，提高预算质量，就必须预算信息化水平。我国建筑工程预算仍停留在手工预算阶段，电算化预算进展缓慢，硬件配置滞后，没有确立电子数据预算查询、分析、取证和保密制度，在预算资源共享上还没有制定统一的标准。
